Helnweinin keskeisen tematiikan takana ovat sodan julmuudet ja sodanjälkeisen ilmapiirin ahdistuneisuus. "Ihmiset olivat vakavia, koskaan ei naurettu. En voinut ymmärtää, mistä oli kysymys, koska asioista ei puhuttu. Minulla oli tunne että jotakin kauheaa on tapahtunut, mutta en tiennyt mitä. Sen lisäksi minuun vaikutti valtavasti katolisen kirkon kuvasto ristiinnaulittuineen ja kidutettuine pyhimyksineen. Olen käsitellyt uskonnollisia aiheita madonnamaalausteni lisäksi muun muassa kolmiosaisissa teoksissani Valtuutettujen laulu (1986) ja Salainen eliitti (1993), jotka ovat saaneet muotonsa ovellisesta alttarikaapista."